Vastseliina linnuse vallutamise järel suundusid Vene väed Tartu alla. Kümnepäevase piiramise järel, juulis 1558 alistus Tartu piiskopilinnus. Piiskop Hermann II küüditati Moskvasse, kus ta 1563. aastal vangistuses suri. Piiskopkonna foogt Elert Kruse osutus reeturiks, läks venelaste teenistusse, saades reetmise eest tasuks Venemaal mitu mõisat ligi tuhande talupojaga, maja Moskvas ning siidi, sametit ja kulda. Liivi sõja lõppedes oli Tartu linn varemeis, peaaegu elaniketa, enam kui pooled linnaelanikest küüditatud Venemaale.