Vene- ja Saksamaa vahel puhkes sõda. Tartu oli 10.–25. juulini 1941 peaaegu alalise kahuritule all. Venelased tulistasid linna Raadi mõisa ja Tallinna maantee ümbrusest, kuna sakslased vahete-vahel Tähtvere mõisa ja Tähtvere pargi ümbrusest tuld sülitasid.
Hävis suur osa linnast, ka Treffneri koolimaja Hobuse tänav nr. 2 ja selle ümbrus, samuti ka Maarja kirik ja selle ümbrus ühes J. V. Jannseni majaga. Ka mitmed ülikooli hooned hävisid, nii arstiteaduskonna dekanaat kõigi selles leiduvate dokumentidega ja võimla, kuna ülikooli kliinikud ja instituudid said ainult enam-vähem vigastada. Kliinikute haiged evakueeriti maale, lastekliinik Elva linna.
Kuna suurem osa kliinikuid Tartu pommitamise ajal kaunis tunduvalt sai kannatada, siis pidi neid remonteeritama, mis aga aega nõudis, sest materjali oli raske saada.