Seoses sõjategevuse lähenemisega Tartule suleti 1944. aasta 1. juulist kõik raamatukogud ja lugemislauad. Sõjatules hävis haruraamatukogu koos II lugemislauaga, keskraamatukogu noorteosakond sai 1944. aasta märtsipommitamise ajal otsetabamuse. Pomm läbis laed ja põrandad ning jõudis kolmandalt korruselt keldrisse välja. Sinna langesid koos rusudega ka raamatud. Inventar ja suur osa ca 6000-köitelisest kogust hävis, osa raamatuid suutsid raamatukoguhoidjad rusude alt enam-vähem tervena kätte saada. Ka Kompanii tänava keskkogu hoone oli saanud kannatada – purunenud olid uksed ja aknad.
1944. aasta sügis oli väga raske – ruumid olid kütmata, paljud aknad klaasi puudusel vineeriga kinni löödud, puudus elekter ja veevarustus.