Tartust sai koolilinn juba 13. sajandil. Pärast ülikooli rajamist aastal 1632 olid meie linnas esindatud kõik koolitusastmed. Tõsi küll, koolid tegutsesid lahus eestikeelsest ühiskonnast, sest Tartu kuulus mitme sajandi jooksul naaberrahvaste rajatud suurema ühiskonna koosseisu. Nii oli ka koolide töökeel mitte eesti, vaid kas mõni üldlevinud (ladina) või Eestit hallanud rahva (põhiliselt saksa, kuid ka rootsi, poola ja lõpuks vene) keel. Tuleb arvestada ka seda, et alguses moodustasid eestlased Tartu elanikkonnast vaid väikese osa ning kogu asjaajamine toimus mõnes muus keeles. Alles 19. sajandi teisel poolel hakkas eestlaste osatähtsus kiiresti tõusma – 1881. a. oli neid 55,4% ja 1897. a. juba üle ¾ rahvastikust. Eesti vabariigi alguses (1922) moodustasid eestlased 84,5% linna elanikkonnast. Pärast Nõukogude anneksiooni hakkas eestlaste osatähtsus tasapisi langema, kuid esimese sõjajärgse rahvaloenduse ajal (1959) moodustas see veel pisut üle ¾ (75,68%) linna rahvastikust.
10. aprillil 1887 kehtestati seadus venekeelsest kooliõpetusest. Teel emakeelsele koolile oli suureks sammuks 1906. a. Eesti Noorsoo Kasvatuse Seltsi (ENKS) tütarlaste keskkooli asutamine. Kuid valdav osa eestlasi õppis ikkagi veel saksa- ja venekeelsetes koolides. Kevadel 1917 moodustasid eestlased Tartus toiminud nelja poeg- ja nelja tütarlaste keskkooli õpilaste arvust 58%. Õppimine oli kõigis koolides tasuline. Eesti keeles said koolid hakata tegutsema alles Eesti Vabariigi ajal. Samal ajal olid olemas ka vähemusrahvaste koolid – s.o. vene-, saksa- ja juudikeelsed õppeasutused. Eesti aja lõpus oli Tartus 20 alg- (neist üks õhtukool) ja 11 keskastme kooli ning 11 kutseõppeasutust. Teises maailmasõjas said koolihooned rängalt kannatada.
Pärast punaväe teistkordset sissetungi 1944 oli koolimajade olukord väga vilets. Alles oktoobris 1944 jõuti nii kaugele, et „esimesed koolid võisid avada oma uksed“ ning „novembris töötas 5 keskkooli, 7 mittetäielikku keskkooli ja üks õhtukeskkool. Esimesel, Tartu vabastamisele järgnenud õppeaastal töötas linnas kokku 146 klassikomplekti.“ Nii on kirjutatud 1980 ilmunud Tartu ajaloo raamatus. Keskkoolidele pandi uuesti numbrid, nii nagu seda oli tehtud juba pärast esimest nõukogude hõivangut aastal 1940. Sõjajärgne 1. keskkool paiknes Treffneri gümnaasiumi hoones ning õpilasteks olid poeglapsed. 2. keskkool oli ENKS-i tütarlaste gümnaasiumi ja 3. keskkool Tartu 2. gümnaasiumi tegevuse jätkaja. 4. keskkool hakkas tööle venekeelsena ning kolis 1948 Riia tänaval taastatud koolihoonesse. Õhtukool hakkas kandma 5. keskkooli nime. Teise poeglastekoolina loodi 6. keskkool, mille asukohaks sai senise 16. algkooli hoone Näituse 22. Nn mittetäielikud (7klassilised) keskkoolid hakkasid kandma numbreid 1.–7., mis osaliselt ühtisid algkoolide varasema numeratsiooniga. Kokku õppis 1944/45. õppeaastal päevastes üldhariduskoolides 4766 õpilast.