Kirjandusmuuseumist pidi tulema ühtaegu akadeemiline ja populariseeriv, ulatuslike ekspositsioonivõimalustega asutus.
Alanud sõda lõikas vastavad algatused läbi. Päriselt katki teaduslik töö küll ei jäänud, ent de jure muuseum kaotati ning tema osakonnad viidi Tartu ülikooli ja selle raamatukogu koosseisu. Kõige olulisemaks probleemiks sai muuseumi varade säilitamine, materjalide evakueerimine sõja jalust. Tänu muuseumi ning ülikooli inimeste, sealhulgas enesestmõistetavalt Mart Lepiku isiklikule hoolele ja vaprusele kannatasidki Kirjandusmuuseumi varad üsna vähe, suurimaks kaotuseks oli ekspositsiooniosakonnaks mõeldud hoone põlemine Õpetaja tänaval. Seal hävis „Päevalehe“ arhiiv.
Sõja järel toodi Kirjandusmuuseumi varad hoiukohtadest maalt taas Tartu ning seati aegamisi jälle kasutamiskorda. Kohe üritati jätkata ka sisulist tööd, eriti materjalide, eeskätt sõjapäevil ilmunud Nõukogude Eesti trükisõna kogumisel.