Praegune Hugo Treffneri Gümnaasium asub Tartus Rüütli ja Munga tänava nurgal, ent pole sugugi alati selles paigas olnud. Pärast asutamist 1883. aastal toimus õppetöö esialgu mitmetes üürimajades. Ajaks, mil Tammsaare Tartusse kooli tuli, oli gümnaasiumil juba oma maja Ülejõel (aadressil Hobuse tn. 2), kus praegu asub Mati Karmini loodud Treffneri monument. Õppekeel oli algul saksa, 1889. aastast aga vene keel. Pärast Treffneri surma 1912. aastal juhtis kooli mõnda aega tema lesk, seejärel mitmed teisedki kooli õpetajad. 1917. aastal sai kooli direktoriks Hugo Treffneri lellepoja pojapoeg Konstantin Treffner. 1918. aastal alustati koolis õppetööd eesti keeles, 1919. aastal kolis kool oma praegusesse asupaika Rüütli tänaval. 20. sajandi alguses oli Treffneri gümnaasium ka Eesti kõige suurem kool. /---/
1883. aastal rajatud Hugo Treffneri gümnaasium oli omal ajal üks parimaid õppeasutusi, kus eesti soost noortel oli võimalus haridust saada. /---/
Nii sündiski mehel hoopis mõte asutada eesti soost poistele erakool, kus rahvuslikud vaated oleksid au sees. /---/
Oma kooli asutamisel pidas ta silmas, et seal saaksid õppida need poisid, kellel muidu polnud võimalik haridust omandada. Kõik, kes ei saanud mingil põhjusel õpinguid jätkata – kas ületatud vanusepiiri, rahaliste raskuste, vähese ettevalmistuse või millegi muu tõttu –, pidid Hugo Treffneri eragümnaasiumis võimaluse saama. Mitmed vaesemad õpilased vabastas Treffner täielikult või osaliselt õppemaksust või lasi neil oma õpingute eest tasuda ajutise tööga koolis või pansionaadis, nõudes tänutäheks õpilastelt häid tulemusi ja korralikku õppimist.