Kui aknaklaasi kogused Meleskist Tartus Emajõe kaldal maha laaditi, jäi Carl Philipp sageli paariks päevaks Tartusse krahv Gothardi külaliseks. Nii süüvis noor Amelung ka Tartu muredesse. Tartu linn oli olnud kunagi esinduslik kaubalinn, Lübecki seadusi austav ärilinn, ka transiitlinn, olles veetee kaudu ühenduses nii Pihkva kui Novgorodiga.
Ent sõjakeeriste risttules tabas Tartut sama saatus mis Põltsamaadki. Peeter I juhtimisel muutsid vene väed oma 1704., 1708. ja 1710. a. sõjakäikudega Tartu rusuhunnikuks. Armu ei antud ka kirikutele. Püha Maarja kirik (praegu asub sellel kohal 1805. a. ehitusega alustatud ülikooli peahoone) tehti maatasa, väärtuslik sisustus veeti Venemaale.
Lõhutud vundamentidele ehitasid linna tagasipöördujad üksteise lähedale uued puust hooned. Juba paistis, et Tartu võtab uuesti ilmet, nii vähemalt kinnitas keisrinna Katariina, kui ta 1764. a. suvel oma valdusi inspekteeris, kuid saatusel olid linnaga omad plaanid.
25. juuli õhtupoolikul 1775. a. Rüütli tänavast alguse saanud tulekahju lahvatas peagi üle kogu linna. Tugev tuul kandis leegid Raekoja suunas üha võimsamalt edasi. Ühe ööga põles maha 290 hoonet, nende hulgas Raekoda, Konvendimaja, Tütarlaste Gümnaasium. Maha põles 4 silda üle Emajõe, alles jäid vaid Laia tn. põhjapoolsed majad ja ka Laia tn. sild. Katariina Suure kavandatud Teaduse- ja kultuuritee üks põhilisi vahepunkte hävines tuhaks.