Gustav Adolfi valitsemise ajal asutati Eestimaal esimesed gümnaasiumid – 1630 Tartus ja järgmisel aastal Tallinnas. Kuid juba 1632, veidi aega enne lahingus langemist, jõudis ta kirjutada kirja, millega muutis Tartu gümnaasiumi ülikooliks ja sellega pani aluse Tartu Ülikoolile. Tallinna Gustav Adolfi gümnaasium aga tegutseb tänaseni.
Ülikool avati suure pidulikkusega, avaaktusel pidas kõne kindralkuberner Joh. Skytte, kes rõhutas, et Tartu Ülikoolis nähakse ette anda haridust mitte ainult aadlile, vaid sinna pidi vastu võetama ka madalamast seisusest üliõpilasi. Õppeaineteks olid usuteadus, õigusteadus, ajalugu ja arstiteadus. Esialgu õppis Tartu Ülikoolis eestlasi ainult mõni üksik, põhilise osa üliõpilastest moodustasid rootslased, oli ka arvukalt sakslasi.